ใน ค.ศ. 1600 ขุนพลโทกูงาวะ อิเอยาซุ ยึดอำนาจเป็นผลสำเร็จ และก่อตั้งการปกครองขึ้นที่เมืองเอโดะ (ปัจจุบันคือ โตเกียว) ต่อมาใน ค.ศ. 1603 เขาได้รับตำแหน่งเซอิไทโชกุน หลังจากสร้างหลักฐานเท็จเพื่อแสดงว่า ตนเองสืบเชื้อสายตระกูลมินาโมโตะจากยุคเฮอัง[10]

ในยุคข้างต้นนี้ อำนาจเบ็ดเสร็จอยู่ในมือของโชกุนซึ่งปกครองอยู่ที่เอโดะ ส่วนจักรพรรดิประทับอยู่ในเคียวโตะ โชกุนยังควบคุมนโยบายต่างประเทศ ดูแลทหาร และกำกับระบอบอุปถัมภ์แบบเจ้าขุนมูลนาย ส่วนจักรพรรดิมีพระราชอำนาจในทางพิธีการเท่านั้น เหมือนบทบาทของจักรพรรดิญี่ปุ่นหลังสงครามโลกครั้งที่ 2[11]

รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะดำรงอยู่จน ค.ศ. 1867 เมื่อโชกุนโทกูงาวะ โยชิโนบุ ลาออกจากตำแหน่ง และถวายอำนาจคืนให้แก่จักรพรรดิเมจิ[12]